Voor een kerkgenootschap geldt dat alléén op het hoogste (landelijke) aggregatie niveau een inschrijving in het UBO-register bij de KVK plaatsvindt. Voor zelfstandige onderdelen van een kerkgenootschap met rechtspersoonlijkheid, zoals bedoeld in artikel 2:2 BW, geldt de inschrijfplicht in het UBO-register bij de KVK niet (zoals bijvoorbeeld parochies en gemeenten). Ook op de website van de KVK staat inmiddels duidelijk vermeld dat geen inschrijving in het UBO-register plaatsvindt als er een Nederlandse koepelorganisatie (hoger aggregatieniveau) boven de instelling staat.
Klantonderzoek door financiële instellingen
De uitzondering die geldt voor het openbare UBO-register bij de KVK geldt niet voor het klantonderzoek. Ook zelfstandige onderdelen van een kerkgenootschap moeten een UBO-opgave doen in het kader van het klantonderzoek van een financiële instelling. Elke financiële instelling moet op grond van Antiwitwaswetgeving een onderzoek uitvoeren naar klanten. Een onderdeel van dit klantonderzoek is de vraag naar de UBO’s van de rechtspersoon. Conform het uitvoeringsbesluit Wwft 2018 zullen in veruit de meeste gevallen de natuurlijke personen die als bestuurder worden aangemerkt in het eigen kerkelijke statuut de UBO’s zijn [ art. 3 lid 1 onder b 2-0 Uitvoeringsbesluit Wwft].